《瘟疫论》是明末医学家吴有性（字又可）所著的一部中医药防治温疫病的专著。全书分为两卷，上卷五十篇，主要阐述瘟疫的病因、病机、证候及治疗方法，并从多方面论述温疫与伤寒的不同；下卷三十五篇，讨论温疫的兼证，并有数篇论述温疫名实和疫疬证治。此外，还附有补遗一卷。
吴有性，字又可，号淡斋，江苏吴县人，明末著名医家。他通过临床实践和对古今医案的研究，提出了许多实用有效的治法，并在崇祯十五年（1642年）著成《瘟疫论》。
《瘟疫论》对后世温病学的发展起到了积极的推动作用。其成就主要体现在三个方面：
在《瘟疫论》成书的明崇祯时期，吴县连年发生疫病流行，一巷百余家，无一家幸免；一门数十口，无一口幸存。吴有性在这样的环境中，深感当时医学的不足，发出“守古法则不合今病，舍今病而别搜古书，斯投剂不效”的感叹，因此在临床实践中“静心穷理”，著成《瘟疫论》。
《瘟疫论》被认为是中医学发展史上的重要里程碑，启发了清朝的温病学派。其对瘟疫病因和传染途径的认识，较之前人有较大突破，为传染病的认识和治疗开创了新的途径。
