《瘟疫论类编》是明代医学家吴有性（字又可）所著的一部关于温疫病治疗的专著。该书在明末崇祯十五年（1642年）成书，对后世中医学的发展产生了深远的影响。全书分为上下两卷，上卷五十篇，主要探讨了瘟疫的病因、病机、证候和治疗方法，特别强调了瘟疫与伤寒的区别。下卷三十五篇，讨论了瘟疫的兼证，并对瘟疫的名实和疫疬证治进行了论述。此外，书中还附有补遗一卷。
吴有性在《瘟疫论》中提出了“温疫疠气”的病因学说，认为疫病是由戾气从口鼻侵入体内引起的，这一观点在当时是颇具前瞻性的。他强调了不同戾气引起的疫病不同，侵犯的脏腑也不同，并且指出了痘疹与疔疮的化脓感染也是由戾气引起的。这一理论不仅发展了古代六淫致病学说，而且在世界传染病流行病史上处于领先地位。
《瘟疫论类编》是清代刘奎（字松峰）对《瘟疫论》进行的评释和分类，刊于乾隆五十一年（1786年）。刘奎认为原书次序不便观览，因此命其子刘秉锦将书重新分类，并结合个人治验对原著进行了增删评释。首卷包括了“诸论”、“统治”、“杂证”、“撮要”和“正误”等部分，涵盖了瘟疫的正名、杂气、治法、杂证以及对伤寒例和诸家瘟疫之误的纠正。
该书的出版，不仅为中医药防治温疫病提供了宝贵的经验和理论依据，而且对后世医学家在传染病防治方面的研究和实践具有重要的指导意义。《瘟疫论类编》的学术价值和文献价值得到了中医药专家的高度评价，并在2014年由湖南科学技术出版社出版了《中医古籍珍本集成：温病卷--瘟疫论类编》一书，以珍本古籍原版影印的方式，真实反映了珍本古籍的版本特征，并进行了点校、评注。
