《赤水玄珠》是明代著名医学家孙一奎所著的一部综合性医书，全称《赤水玄珠全集》，又名《孙氏医书三种》。该书刊行于明万历十二年（1584年），现存刻本有明副本、四库全书本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年人民卫生出版社点校本等。
孙一奎（1522—1619年），字文垣，号东宿，别号生生子，安徽休宁人。他自幼聪颖，好学勤求，为寻师访友，曾远历湘赣江浙等地，广询博采，访问名贤，探冥搜奇。孙一奎不仅在医学理论上颇有建树，尤其在命门、三焦等理论研究上有自己的见解，临证投剂屡起沉疴，学验俱丰。
《赤水玄珠》全书共37卷，其中《赤水玄珠》30卷，分76门，论述内外妇儿各科病症。每门再条分缕析，分述因、证、治方、附诸家治验。本书以明证为主，广辑《内经》及其后170余种医著，结合自己经验，编撰成书。具体内容包括：
《赤水玄珠》汇集了明代以前诸家之粹，所论精辟，是一部有参考价值的综合性医书。孙一奎在书中反对“徒以方书为捷径”，而重视理论研究，不仅沉酣于《内经》、《难经》之书，精研本草，参阅方书，并结合仲景之后历代名家医著，加以融汇贯通。他认为医者能因古人之法，审其用法之时，斯得古人立法之心。
《赤水玄珠》对后世医学界产生了重要影响，并给后学医者留下了宝贵的财富。书中多奇方、验方，皆取自非医家类书，具有一般医书少有的特色。《四库全书总目提要》称本书“于寒热虚实表里气血八者，谆谆致意，其辨古今病证名称相混之处，尤为明晰。”
现存主要版本有明万历十二年（1584）刊本；万历二十四年（1596）刊本；日本明历三年（1657）风月堂左卫门刊本；清《四库全书》本；1914年上海著易堂书局铅印本；《中国医学大成》本等。
