《瘟疫论标注》是明末医学家吴有性（字又可）所著的一部医学专著，该书对后世的中医温病学有着深远的影响。全书分为上下两卷，上卷包含五十篇，主要讨论瘟疫的病因、病机、证候和治疗方法，并特别强调了瘟疫与伤寒的不同之处。吴有性在书中提出了“温疫疠气”的病因学说，认为疫病是由戾气从口鼻侵入体内引起的，这一观点在当时是颇具创新性的。
下卷则包含了三十五篇，进一步论述了瘟疫的兼证，并对瘟疫的名实和疫疬证治进行了讨论。此外，书中还附有补遗一卷，由清乾隆时期的天都黄晟校刊醒医六书。吴有性在《瘟疫论》中不仅提出了新的医学理论，还结合古今医案，创造了一些实用有效的治法，并将个人心得及平日所用有效方法记录下来。
《瘟疫论标注》的影印版由日本京都的文徽堂在1803年出版，这是享和元年刊翻刻的版本。此外，该书的下卷在授道中医文献库有详细的介绍，强调了吴又可对中医温病学形成的重要贡献，以及他在传统中医学理论中提出的新观点。
值得注意的是，吴有性在《瘟疫论》的原序中提到了当时疫病流行的严重情况，以及他对于当时医学不足的深刻感受。他通过临床实践，深入研究瘟疫的病因和治疗方法，最终著成了这部著作。
《瘟疫论标注》的内容不仅在医学上有重要价值，其对瘟疫与伤寒的鉴别和治法的详细记载，也为研究中医传染病学提供了重要的参考。黄晟在校刊过程中的贡献，以及黑弘休的标注，都为这部著作的传播和理解做出了贡献。
