《赤水玄珠》是明代著名医学家孙一奎所著的一部医学丛书，全称《赤水玄珠全集》，简称《赤水玄珠》或《孙氏医书三种》。该书刊行于明万历十二年（1584年），并被收录于《国史·经籍志》、《医藏书目》等重要文献中。孙一奎，字文垣，号东宿，别号生生子，是明代休宁县（今安徽休宁）人，他自幼受儒学影响，后专攻医学，历经三十余年的学习和实践，成为当时著名的医学家 。

《赤水玄珠全集》的内容丰富，全书共37卷，其中《赤水玄珠》30卷，分为76门，详细论述了内、外、妇、儿各科病证，每门病证都条分缕析，详细分述病因、症状、处方，并附有历代医家的治验案例。书中特别强调明证的重要性，引录了历代文献达265种，并结合孙一奎本人的临床经验，对寒热、虚实、表里、气血等八种病症进行了深入的辨析和论述 。

除了《赤水玄珠》之外，全书还包括《医旨绪余》2卷和《孙氏医案》5卷。《医旨绪余》主要采集诸家之言，评述各家学说，阐述了太极、阴阳、五行等中医基础理论，并对脏腑、气血、经络等进行了深入探讨。《孙氏医案》则是由孙一奎的子孙泰来、孙明来及门人余煌等人整理的孙一奎的医案汇集，按照孙一奎行医的地区顺序编排，共收录了398个医案，总结了孙一奎的临证经验 。

《赤水玄珠全集》不仅在医学理论上有所阐发，而且在临床实践上也有独到见解，是明代以前诸家医学精粹的集大成者。书中的医学思想和治疗方法对后世产生了深远的影响，被誉为“出独见而著医绪，辑试方而成玄珠”，其医案叙述色脉病形，历历如绘，疗效卓著 。

该书的学术价值主要体现在四个方面：法随证立，首重明证；循证施药，治有定位；穷理明心，医易相融；固本培元，防治传变。孙一奎的学术思想超越了经典，对后世有着重要的指导意义 。

《赤水玄珠》的命名源自于黄帝求道的故事，象征着书中内容的珍贵和深奥。孙一奎在书中不仅阐发了《难经》等古代医学理论，还结合自己的临床经验，提出了许多独到的见解，形成了中医学三焦命门学说的一大流派 。

现存的《赤水玄珠》版本众多，包括明万历十二年刊本、万历二十四年刊本、日本明历三年刊本、清《四库全书》本、1914年上海著易堂书局铅印本、1986年人民卫生出版社排印出版凌天翼点校本等。这些版本为我们今天研究和学习这部医学经典提供了宝贵的资料 。

《赤水玄珠全集》的内容丰富，不仅在医学理论上有所建树，而且在临床实践上也有独到见解，是中医学史上一部极具价值的著作。它不仅对医学界产生了重要影响，也为后学医者留下了宝贵的财富 。