《医经解惑论》是清代日本汉方医家内藤希哲所著的一部中医著作，成书于1731年，并于1804年刊行。全书分为上、中、下三卷，总计约14万字。内藤希哲自幼学医，专攻《伤寒论》，深入研究《内经》《难经》等经典，以修仲景之道为己任，将《伤寒论》《金匮要略》《玉函经》三书合参，分类条次，正其错杂，著成《金匮玉函经类编》。然而，由于篇幅浩繁和生活条件所迫，作者无奈中将《金匮玉函经类编》的大意凝练为《医经解惑论》三卷。
《医经解惑论》的核心思想是内藤希哲的“五经一贯论”和“六经括百病，以法类方证”。他认为医家应当以《素问》《灵枢》《难经》《本草经》《伤寒杂病论》为五经，这五经有一贯之旨，仲景的《伤寒杂病论》正洞视了四经之理，是四经之总括。他提出治医之道应当先通四经之大体，然后深入研究仲景之书，这样在临证时能够明确判断病状的虚实死生，施治时能够达到十全之功。
内藤希哲还指出，万病虽多，但感于外者不过六气，伤于内者不过饮食劳倦七情，而病状则不外乎表里上下的虚实寒热。他主张以六经为纲，六病为纬，辨病、治病之法为目，以法类方证，重新编次。《医经解惑论》的上卷主要论述五经医理，中卷讨论伤寒六经大意，下卷则专注于六经病的治法，层次清晰，简明扼要。
此书不仅是研究内藤希哲学术思想体系的重要法本，也是他生前唯一的个人系统著述。与后世杂学、考证派以及古方派不同，内藤希哲立足于经典著作的根本理论，统一仲景三书，并参考金元以后医学，密切联系临床实际，着重阐发仲景理法方药的精髓，在汉方医家中独树一帜。
现存版本主要有日本文化元年崇古堂刻本及日本抄本。《医经解惑论》的学术价值和临床意义，使其成为中医学术研究中不可多得的宝贵资料，对后世的医学发展有着深远的影响。
